Если физическое лицо не является индивидуальным предпринимателем, то исчислять НДФЛ и отчитываться по налогу обязан арендатор, то есть организация.

Фирма, арендующая помещение у физ.лица, является для него налоговым агентом (п.1 ст.24 НК РФ). А в соответствии с п. 1 ст. 226 НК РФ российские организации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, обязаны исчислить, удержать и уплатить в бюджет исчисленную сумму НДФЛ.

Таким образом, организация - налоговый агент, арендующая помещения у физ.лица - собственника жилья, обязана с суммы арендной платы исчислять, удерживать и перечислять в бюджет сумму НДФЛ и представлять в налоговую инспекцию Справку о полученных физическим лицом доходах и удержанных суммах налога (по форме 2-НДФЛ). Этот вывод подтверждает и письмо Минфина от 24 декабря 2007 г. N 03-04-08-01/64.

Если же физическое лицо зарегистрировано как индивидуальный предприниматель, то ИП должен самостоятельно исчислять и уплачивать НДФЛ и отчитываться по нему (п.2 ст.227 НК РФ).