Нет, пени вам не начислят.

Код по ОКАТО показывает, в каком городе или районе находится организация, он необходим для распределения налогов в государственном бюджете согласно нормативам.

Так как НДС целиком относится в федеральный бюджет, то средства все равно попадут по назначению, даже при неверном ОКАТО, поэтому пени платить не придется.

Однако во избежание недоразумений советуем все же исправить ошибку. Для этого нужно подать в инспекцию заявление в произвольной форме о допущенной ошибке с просьбой уточнить неправильно указанный реквизит. К заявлению лучше приложить документы, подтверждающие перечисление налога (например, копии платежного поручения и выписки банка).